TIPS 정부출연금, 재무제표와 법인세에 어떻게 남을까?

TIPS에 선정되면 운영사의 투자와 함께 정부 R&D 출연금이 들어옵니다. 창업 초기 법인에게는 회사가 지금까지 받아 본 돈 가운데 가장 큰 돈인 경우가 많습니다.

그런데 결산을 앞두고 대표님들이 묻는 질문은 비슷합니다. "갚지 않아도 되는 돈인데 이익인가요?", "법인세를 내야 하나요?", "작년 재무제표에는 왜 영업손실이 이렇게 크게 나왔나요?"

아래 내용은 비상장 스타트업이 많이 쓰는 일반기업회계기준을 기준으로 하고, K-IFRS와 다른 점은 따로 적습니다.

1. TIPS로 들어오는 돈은 세 가지입니다

투자금은 수익이 아닙니다. 주식을 발행하고 받은 돈이므로 자본으로 기록합니다. 다만 상환전환우선주(RCPS)처럼 투자자가 상환을 요구할 수 있는 조건이 붙으면, 적용하는 회계기준과 계약 조건에 따라 부채로 분류될 수 있어 따로 검토합니다.

이 글에서 다루는 것은 나머지 두 가지, 정부보조금입니다. 같은 TIPS 자금이어도 R&D 출연금과 사업화 자금은 근거 규정이 달라, 뒤에서 볼 세법 특례도 달라집니다. 협약서에서 근거 법률과 사업비 구성부터 확인하는 이유입니다.

2. 같은 출연금, 재무제표는 어떻게 달라질까?

정부보조금은 무엇을 보전하려고 받은 돈인지에 따라 두 가지로 나눕니다.

• 자산관련보조금: 연구장비처럼 자산을 사는 데 쓰는 보조금
• 수익관련보조금: 연구원 인건비, 재료비, 위탁연구비처럼 비용을 보전하는 보조금

자산을 사는 데 쓴 보조금

일반기업회계기준은 자산관련보조금을 그 자산의 차감계정으로 표시합니다. 5천만 원짜리 장비를 사면서 출연금 3천만 원을 썼다면, 장부에는 장비 5천만 원과 정부보조금 △3천만 원이 함께 남습니다. 매년 감가상각비 중 보조금 몫은 보조금과 상계되어 비용이 줄어듭니다.

장비를 사기 전 결산일에 남아 있는 출연금도 바로 수익으로 잡지 않습니다. 받은 현금의 차감계정으로 표시해 둡니다.

K-IFRS는 같은 보조금을 자산에서 차감하는 방법과 부채(이연수익)로 표시하는 방법 가운데 하나를 고를 수 있습니다. 이연수익으로 표시하면 자산과 부채가 함께 커져 부채비율이 달라 보입니다.

비용을 보전하는 보조금

일반기업회계기준은 수익관련보조금을 두 가지 방법 가운데 하나로 표시하도록 합니다.

• 관련비용차감법: 보조금을 그 비용(예: 연구개발비)에서 빼서 표시
• 수익인식법: 보조금을 수익으로 표시. 주된 영업활동과 직접 관련되면 영업수익, 그렇지 않으면 영업외수익

어느 방법이든 당기순이익은 같습니다. 달라지는 것은 영업손익과 연구개발비가 보이는 모습입니다.

예를 들어 한 해 동안 매출 2억 원, 연구개발비 6억 원(이 중 4억 원을 출연금으로 지출), 그 밖의 판매비와 관리비 3억 원이 발생했다고 해 보겠습니다.

설명을 위한 예시 숫자이며, 법인세는 고려하지 않았습니다.

순손실은 3억 원으로 같지만, 영업손실은 3억 원과 7억 원으로 두 배 넘게 차이가 납니다. 연구개발비도 2억 원과 6억 원으로 다르게 보입니다.

후속 투자 심사, 정책자금·보증 심사, 신용평가에서는 순손익과 함께 영업손익과 연구개발비 규모를 따로 보는 경우가 많습니다. 어느 방법이 맞고 틀린 것은 아니지만, 회사가 어떤 방법을 택했는지 알고, 해마다 같은 방법으로 처리해야 재무제표를 설명할 수 있습니다.

연구 결과를 자산으로 잡는 경우

개발 단계의 지출이 무형자산(개발비) 인식 요건을 충족해 자산으로 잡는다면, 그 개발비에 쓴 출연금은 개발비에서 차감하는 형식으로 표시합니다. 개발비를 상각할 때 보조금도 함께 상계됩니다. 개발비를 자산으로 잡을지는 기술적 실현 가능성 등 요건을 따로 판단해야 하므로, 출연금 처리와 함께 검토합니다.

협약에 성공 시 기술료를 내야 하는 조건이 있다면, 갚아야 할 부분은 부채로 볼지도 함께 검토합니다.

3. 법인세: 받은 해의 이익일까?

원칙은 익금입니다

법인세는 법인의 순자산을 늘린 금액을 원칙적으로 모두 익금으로 봅니다. 갚을 의무가 없는 출연금도 마찬가지입니다. 회계에서 비용차감법을 썼든 수익인식법을 썼든, 세무에서는 받은 출연금이 익금에 들어가고 출연금으로 쓴 비용은 손금이 됩니다. 회계와 세법의 시점이 달라지는 부분(쓰지 않고 남은 출연금, 출연금으로 산 자산)은 세무조정으로 맞춥니다.

연구개발 출연금은 '쓰는 해'로 미룰 수 있습니다

조세특례제한법 제10조의2는 국가, 지방자치단체, 공공기관, 지방공기업으로부터 연구개발 목적의 출연금을 받아 구분경리한 경우, 받은 해에는 익금에 넣지 않을 수 있도록 합니다. 대신 아래 시점에 익금에 넣습니다.

TIPS 협약은 보통 여러 해에 걸쳐 있어, 연말에 쓰지 못한 출연금이 남는 경우가 많습니다. 이 특례를 쓰면 남은 출연금이 받은 해의 과세소득을 부풀리지 않고, 실제로 연구에 쓰는 해의 비용과 짝을 맞춰 익금이 됩니다.

다만 적자가 이어지는 초기 법인이라면 특례의 세금 효과가 크지 않을 수도 있습니다. 매출이 늘어 과세소득이 생기기 시작하는 해와 출연금 사용 시기가 겹친다면 효과를 따로 계산해 보는 것이 좋습니다. 신고할 때는 출연금등익금불산입명세서를 함께 냅니다.

현재 조문은 2026년 12월 31일까지 받는 출연금에 적용됩니다. 2027년 이후에 받는 출연금은 그때의 개정 여부를 확인해야 합니다.

사업화 보조금으로 자산을 샀다면

사업화 자금이 「보조금 관리에 관한 법률」, 「지방재정법」 등에 따른 보조금이고 그 돈으로 사업용 자산을 샀다면 법인세법 제36조를 검토합니다. 그 사업연도에 보조금 상당액을 손금에 넣고(감가상각자산은 일시상각충당금), 이후 감가상각비와 상계하면서 다시 익금으로 돌립니다. 세금을 없애는 제도가 아니라, 자산을 쓰는 기간에 맞춰 나누는 제도입니다.

4. 연구개발비 세액공제에서 출연금 몫은 빠집니다

기업부설연구소나 연구개발전담부서를 두고 연구·인력개발비 세액공제를 받는 TIPS 기업이라면 꼭 확인할 점이 있습니다. 출연금을 받아 지출한 연구개발비는 공제 대상 비용에서 제외됩니다. 공제를 받을 수 있는 것은 회사가 자체 자금으로 부담한 부분입니다.

과제 인건비 전액을 공제 대상으로 넣었다가 나중에 출연금 사용분이 확인되면, 공제받은 세액을 다시 내고 가산세까지 부담할 수 있습니다. 출연금 집행 내역과 세액공제 명세서의 연구원·비용 명세를 같은 기준으로 나누어 두는 것이 가장 확실한 대비입니다.

5. 부가가치세는 어떻게 되나요?

재화나 용역의 공급과 직접 관련되지 않은 국고보조금과 공공보조금은 부가가치세 과세표준에 들어가지 않습니다. 출연금을 받았다고 세금계산서를 발급하지는 않습니다.

다만 정부나 공공기관에 연구 결과를 넘기는 조건으로 대가를 받는 구조라면, 이름이 출연금이어도 용역의 대가로 볼 수 있습니다. 협약에서 연구 결과물이 누구에게 귀속되는지 확인합니다.

6. 시점별로 확인할 것

TIPS를 앞두고 있든, 협약 기간 중이든, 결산을 앞두고 있든 지금 단계에서 볼 것은 아래와 같습니다.

자주 묻는 질문

Q.출연금을 전용 계좌로 받았는데도 회사의 수익인가요?

네. 어느 계좌로 받았는지와 관계없이 법인이 받은 보조금입니다. 회계에서는 정부보조금으로, 세무에서는 익금으로 봅니다. 전용 계좌는 출연금을 구분경리했다는 근거가 되므로 그대로 유지하는 것이 좋습니다.

Q.작년에 출연금 전액을 수익으로 잡았습니다. 바로잡아야 하나요?

먼저 그 처리가 재무제표에 얼마나 영향을 주었는지 확인합니다. 회계에서는 오류의 크기에 따라 당기 손익으로 고치거나 지난 재무제표를 다시 작성하고(전기오류수정), 법인세 신고에 영향이 있었다면 수정신고나 경정청구도 함께 검토합니다.

Q.관련비용차감법과 수익인식법 가운데 무엇을 써야 하나요?

둘 다 회계기준이 인정하는 방법입니다. 재무제표를 주로 읽는 사람(투자자, 금융기관, 지원기관)이 무엇을 보는지, 앞으로 K-IFRS로 바꿀 계획이 있는지를 함께 고려해 정하고, 정한 뒤에는 해마다 같은 방법을 씁니다.

Q.민간부담금으로 쓴 연구개발비는 세액공제를 받을 수 있나요?

회사가 자체 자금으로 부담한 연구개발비는 연구소·전담부서 요건 등 세액공제 요건을 갖추면 공제 대상이 될 수 있습니다. 출연금으로 쓴 부분과 섞이지 않도록 집행 내역을 나누어 두어야 합니다.

TIPS 이후의 재무제표, 우제가 함께 확인하겠습니다

TIPS 선정은 회사의 재무제표가 처음으로 여러 사람에게 읽히기 시작하는 시점이기도 합니다. 운영사, 후속 투자자, 금융기관, 지원기관이 같은 재무제표를 보고 판단합니다. 그래서 출연금을 어떻게 기록했는지는 세금 문제를 넘어 회사의 숫자를 설명하는 문제가 됩니다.

같은 출연금이라도, 어떻게 기록했는지에 따라 회사의 숫자는 다르게 읽힙니다.

우제는 협약서에서 근거 법률과 사업비 구성을 먼저 확인하고, 담당 회계사가 회계처리 방법과 세무조정, 세액공제 명세를 하나의 기준으로 맞춥니다. 상담하실 때 TIPS 협약서와 최근 재무제표(또는 시산표)를 보여 주시면, 출연금이 지금 어떻게 처리되어 있는지와 결산 전에 바로잡을 곳부터 짚어 드립니다. 첫 상담은 비용 없이 진행합니다.

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